Il y a 12 000 ans, une guerre commence et oppose les anges déchus d'Atlantis, gardiens de l'Arbre de vie, aux humains. Pendant cette bataille, un ange déchu nommé Appolonius et surnommé aussi « Les Ailes du Soleil » avait trahi les siens pour l'amour d'une humaine, Siren. Pour protéger les humains, il prit les commandes d'un mecha, nommé Aquarion, et remporta la bataille. Cependant, longtemps après cette bataille, le conflit se reproduisit. Afin d'assurer la sécurité de l'humanité, un groupe de protection lutte contre les invasions répétées des anges déchus, qui s'emparent de l'énergie vitale des humains, pour nourrir leur Arbre de vie. Grâce aux vectors, un type d'Aquarion peut être alors crée (Solar, Luna, ou Mars) et contrôlé par des pilotes possédant des pouvoirs particuliers. Mais qui sont réellement ces pilotes ?
Nobunaga Shimazaki
Akira Kaibuki (voice)
Ayane Sakura
Maia Tsukigane (voice)
小澤亜李
Karan Uminagi (voice)
千菅春香
Kokone Kikogami (voice)
Jōji Nakata
Sougon Henzaki (voice)
白石涼子
Sakurako Soda (voice)
中野さいま
Shouko Iwagami (voice)
淺井孝行
Tsutomu Domon (voice)
Yuuichirou Umehara
Hayato Kujo (voice)
安達勇人
Subete Kenzaki (voice)
山野井仁
Takashi (voice)
駒谷昌男
Hosonosuke Satou (voice)
吉野貴宏
President Watanabe (voice)
半場友恵
Akira Kaibuki (Child) (voice)
仲野裕
Itou (voice)
